Sultantepe Özbekler Tekkesi, 1752-53 yıllarında Darbhâne Emîni ve Maraş Valisi Abdullah Paşa tarafından inşa ettirilmiş ve Nakşibendî tarikatına mensup Hacı Hâce lakabıyla tanınan Şeyh Seyyid Abdullah Ekber Efendi’ye tahsis edilmiştir. Başlangıçta vakıf kaydı olmaksızın faaliyet gösteren tekke, 1788 yılında tüccar Hacı Halil Ağa tarafından kurulan bir vakıf sayesinde hukuki kimlik kazanmıştır. Vakfiyeye göre bu zaviye, özellikle Semerkandlı Özbek dervişlerin ikametine tahsis edilmiş olup zamanla diğer Nakşibendî dervişler için de misafirhane işlevi görmüştür. Vakfın yalnızca mülk ve yapıları kapsayıp gelir getiren unsurlar içermemesi, tekkedeki faaliyetlerin hayır sahiplerinin desteğiyle sürdürüldüğünü düşündürmektedir.

Özbekler Tekkesi, 19. ve 20. yüzyıllarda Orta Asya’dan İstanbul’a gelen hacıların ve dervişlerin uğrak noktası olarak önemli bir rol üstlenmiştir. Misafir defterleri incelendiğinde, özellikle Buhara, Semerkand, Kaşgar, Andican gibi şehirlerden gelen derviş ve hacıların burada konakladığı, bu kişilerin çoğunun Nakşibendî silsilesine mensup olduğu anlaşılmaktadır. Gelenlerin büyük kısmı ticaret, zanaatkârlık veya dini hizmetler gibi mesleklere sahipti. Kayıtlara göre misafirlerin kalış süreleri birkaç günden birkaç yıla kadar uzanmakta ve bu süreler İstanbul ile Orta Asya arasındaki kültürel ve dini irtibatın yoğunluğunu göstermektedir.

Özbekler Tekkesi, Millî Mücadele yıllarında İstanbul’dan Anadolu’ya geçen Kuvâ-yı Milliye mensuplarının gizlice geçişlerinde önemli bir üs olarak kullanılmıştır. Şeyh Atâ Efendi’nin Anadolu’ya geçerek aktif destek verdiği bilinirken, tekke aynı zamanda istihbarat ve lojistik destek merkezi olarak işlev görmüştür. Tekkenin bu dönemdeki faaliyetleri, yalnızca dini değil, aynı zamanda millî bir direnişin de merkezi olduğunu ortaya koyar. Bu yönüyle Özbekler Tekkesi, İstanbul’daki tarikat yapılarının kurtuluş hareketindeki stratejik rollerini simgeleyen nadir örneklerden biri olmuştur.

1925’te çıkarılan Tekke ve Zaviyelerin Kapatılması Kanunu ile faaliyetlerine resmen son verilen Özbekler Tekkesi, bu tarihten sonra da şeyh ailesi aracılığıyla kültürel bir hâfıza mekanı olarak varlığını sürdürmüştür. Üsküdar’ın önemli kültür merkezlerinden biri hâline gelen Özbekler Tekkesi, edebiyatçılar, musikişinaslar ve mutasavvvıflar için bir buluşma noktası olmuştur. Haftalık toplantılarda Özbek pilavı ikram edilip ardından musiki meşkleri ve sohbetler düzenlenmiş; Dede Süleyman Erguner, Alaeddin Yavaşca, Kâni Karaca, Nezih Uzel, Niyazi Sayın gibi isimler bu mahfillerde yer almıştır. Özbekler Tekkesi’nin korunmasında şeyh ailesinin yapıda sürekli ikamet etmesi belirleyici olmuştur. 1983’te Ahmet Ertegün’ün desteğiyle başlayan restorasyonlar 1993 ve 2011 yıllarında devam etmiş, tekke 1996’da Münir Ertegün Vakfına 10 yıl süre ile tahsis edilmiştir. Günümüzde ise yapı, Abdullah Tivnikli Vakfı İSAR Araştırma Merkezi olarak akademik çalışmalara ev sahipliği yapmaktadır.